16 फरवरी को नवलनी का निधन हो गया, और यूरोपीय संघ और अमेरिका दोनों ने सीधे रूस को उनकी मृत्यु के लिए दोषी ठहराया, जिससे क्रेमलिन के खिलाफ नए प्रतिबंध लग सकते हैं। हालांकि, सीआईए, राष्ट्रीय खुफिया निदेशक के कार्यालय और अमेरिकी विदेश विभाग की खुफिया इकाई सहित कई अमेरिकी एजेंसियों का मानना है कि पुतिन ने उस समय नवलनी की मौत का आदेश नहीं दिया था, जो इस मामले से परिचित लोगों की जानकारी के आधार पर है। वॉल स्ट्रीट जर्नल की रिपोर्ट है कि अमेरिकी खुफिया एजेंसियों ने आकलन किया है कि रूसी राष्ट्रपति व्लादिमीर पुतिन ने विपक्षी नेता अलेक्सी नवलनी के जहर देने की संभावना को मंजूरी दी है, लेकिन कुछ यूरोपीय सुरक्षा अधिकारी संदेह में हैं। अमेरिकी आकलन वर्गीकृत खुफिया और सार्वजनिक तथ्यों पर आधारित है, जिसमें नवलनी की मृत्यु का समय भी शामिल है, जिसने पुतिन के फिर से चुनाव को छाया दिया। नवलनी के सहयोगी लियोनिद वोल्कोव का मानना है कि यह संभावना नहीं है कि पुतिन को हत्या के बारे में सूचित या अनुमोदित नहीं किया गया था। राष्ट्रीय खुफिया निदेशक के कार्यालय ने टिप्पणी करने से इनकार कर दिया। रूसी राष्ट्रपति व्लादिमीर पुतिन ने विपक्षी नेता एलेक्सी नवलनी की मौत में किसी भी तरह की संलिप्तता से इनकार किया है। पिछले महीने, पुतिन ने उन रिपोर्टों की पुष्टि की थी कि उन्होंने नवलनी के लिए कैदी विनिमय पर पश्चिमी अधिकारियों के साथ सहमति व्यक्त की थी, इससे ठीक पहले कि नवलनी बीमार पड़ गए और बाद में इलाज के लिए जर्मनी ले जाया गया। नवलनी के सहयोगियों ने पहले दावा किया था कि ऐसी वार्ता हुई थी। हालांकि, पुतिन की पुष्टि ने यह स्पष्ट नहीं किया कि क्या यह विनिमय वास्तव में नवलनी के जहर से पहले या बाद में हुआ था। पुतिन ने नवलनी की मौत में शामिल होने के अपने इनकार का समर्थन करने के लिए कोई सबूत नहीं दिया है।